Hikaye boyunca Thomas’ın en yakın arkadaşlarından Newt , virüse yenik düşerek hayatını kaybeder. Newt’in ölümü, Thomas üzerinde derin bir duygusal iz bırakır.
Önceki maceralarda Labirent’ten kaçan ve Alev Deneyi’ni geçen Thomas, bu kez hapsedilen arkadaşlarını kurtarmak için İSYAN’ın kontrolündeki efsanevi "Son Şehir"e (Last City) girmeye karar verir. Şehir, tüm dünyayı pençesine alan "Işıl" (Flare) virüsünden korunmak için devasa duvarlarla örülü ölümcül bir labirente dönüştürülmüştür. Thomas ve ekibi, arkadaşları Minho'yu kurtarmak ve insanlığın geleceğini tehdit eden bu hastalığa nihai bir çözüm bulmak için en tehlikeli görevlerine atılırlar. Final ve Dönüm Noktaları Labirent 3 Son
Hayatta kalanlar, "Sağ El" (Right Arm) grubuyla birlikte virüsten uzak, güvenli bir adaya sığınırlar. Thomas, Newt’ten kalan bir kolyenin içinde arkadaşının duygusal mektubunu bularak yeni bir toplum inşa etme görevini üstlenir. Oyuncu Kadrosu güvenli bir adaya sığınırlar.